La historia del cacao en Ecuador tiene una riqueza cultural significativa para el desarrollo global de esta industria, pues su tradición cacaotera se remonta a la época aborigen. La evidencia científica actual muestra que, desde Ecuador, el cacao se trasladó a distintas zonas de América.

Desde el inicio de la década del año 2000, un grupo de arqueólogos franco-ecuatorianos ha trabajado en la elaboración del inventario de los recursos patrimoniales de la provincia de Zamora Chinchipe. Estos trabajos permitieron descubrir el sitio Santa Ana-La Florida (SALF), ubicado en el cantón Palanda al sur del Ecuador, donde se detectó el consumo del cacao por parte de la Cultura Mayo Chinchipe antes que en Mesoamérica.

Las evidencias de cacao fueron los gránulos de almidón de esta planta conservados al interior de recipientes cerámicos: botellas de asa de estribo, una olla de forma globular con cuello carenado, y un cuenco de piedra pulida de forma semiesférica. Los gránulos de almidón de Theobroma cacao en las muestras poseen dataciones de radiocarbono (14 C) con una antigüedad de más de mil años sobre los sitios mesoamericanos. Esto indica que nuestros pueblos autóctonos conocieron el cacao hace más de 5.300 años A.P.

Es importante destacar que el cacao encontrado en Zamora Chinchipe tiene filiación con la variedad Nacional Fino de Aroma, que es característica del Ecuador y que ha sido calificado desde el siglo XIX con la denominación cacao de Arriba, que hace alusión directa al cacao que se comercializaba desde Guayaquil y que provenía de río arriba del Daule.